Detalle de: Development of Computational Approaches for the characterization and functional annotation of long-non-coding RNA (Annot-lncRNA)

Las tecnologías de next generation sequencing (NGS) y en particular de RNA-seq han proporcionado nueva información sobre la organización genoma. Uno de los descubrimientos más interesantes de las NGS es que una gran parte del genoma se expresa para dar lugar a transcritos de una aparente falta de capacidad de codificación. La caracterización funcional de estos RNAs no codificantes (ncRNAs) es todavía una cuestión abierta. Este proyecto tiene como objetivo la creación de recursos de bioinformáticos para la anotación funcional de RNAs largos no codificantes (lncRNAs). Vamos a utilizar metodologías de computación de alto rendimiento desarrolladas en nuestro departamento dirigidas al análisis de datos de NGS para llevar a cabo un análisis computacional a gran escala sobre datos de RNA-seq presentes en bases de datos públicas. Nuestra estrategia es analizar los patrones de co-expresión de lncRNAs con genes codificantes anotados, a lo largo de un amplio número de condiciones experimentales, para encontrar patrones de correlación entre genes codificantes y no codificantes que permita la identificación de categorías funcionales que puedan ser asignadas a los genes lncRNA hasta ahora no caracterizados. Además vamos a desarrollar nuevos módulos para la anotación high-throughput dentro de la plataforma de bioinformática Blast2GO, proporcionando así uan herramienta completa para la caracterización de transcriptomas y genomas en la era de la NGS. Por último, aplicaremos estas herramientas para la caracterización funcional de un conjunto de datos experimentales disponibles en nuestro laboratorio de cara a comprobar la usabilidad de los recursos desarrollados.